台灣自1995年開辦全民健保以來，對於如何有效利用健保資源及避免不必要的醫療浪費，向來是備受關注的工作重點。當時的衛生署及健保局須在資源有限的情況下，滿足國人在健康照顧上的需求，故如何適切選擇給付項目、訂定給付標準，將資源花在刀口上，即為健保永續經營的嚴峻挑戰。 健保開辦之初，給付項目收載的訂定並未正式進行醫療科技評估（HTA），僅由專家學者審閱廠商申請資料進行評議決策。西元2000年，當時的健保局考慮引進醫療科技評估制度，以客觀且符合實證醫學精神的方式，進行健保決策的制定，此為醫療科技評估在台灣受到注意的開端。 2000年底健保署委託學者執行「台灣醫療科技評估之建立與執行計畫」，隔年我國多個衛生單位派員前往加拿大英屬哥倫比亞省的各類 HTA 機構進行考察，帶回許多寶貴資料，做為推動台灣HTA的重要參考藍本。 2007年8月成立醫療科技評估工作小組，承接健保局新藥評估案件，完成之評估報告做為健保局藥事小組會議審議藥品給付時之參考。2007年底，經董事會同意通過成立「醫藥科技評估組」，並報請衛生署核備，醫藥科技評估組正式於2008年4月1日成立。 醫藥科技評估組自成立以來，持續協助健保新藥收載之評估，且自2011年以後，逐步將評估範圍擴及健保特材給付案，並將醫療科技評估報告全文公開上網。2014年起，HTA也開始應用於某些特殊的創新醫療服務的評估。而後於2015年開始，推動病友參與以及接受衛生主管機關委託進行衛生健康政策HTA評估。2020年起，協助衛生福利部中央健康保險署規劃前瞻性評估（Horizon scanning, HS）；並於2022年協助建立醫療科技再評估機制（Health Technology Reassessment, HTR）。 2023年5月18日，為因應未來新興醫療科技、新藥之精準給付收載需求，提升HTA執行單位之量能、品質及人才培育，衛生福利部中央健康保險署偕同查驗中心與英國國家健康暨照護卓越研究院（National Institute for Health and Care Excellence, NICE）共同簽訂醫療科技評估合作協定，陸續展開相關交流活動，並借鏡英國推動經驗，成立國家醫療科技評估中心專責單位。 於2024年1月1日起，我國醫療科技評估除持續強化新醫療技術、藥品及醫材給付審查，提供藥物經濟學評估及政策評估，培育人才與促進國際交流合作外，亦協助執行平行送審相關作業，及協助暫時性支付藥品收載後之健保給付效益評估，以強化科學實證及價值為基礎之健保給付政策，加速收載藥品同時讓資源妥善運用，減輕健保及民眾負擔，增進全民福祉。 查驗中心醫藥科技評估組之組織架構原設有組長及2個小組（包含1個療效評估小組及1個經濟評估小組），後續隨著業務範疇逐步擴增，於2024年5月擴展為設有組長、副組長及5個小組（包含2個療效評估小組、2個經濟評估小組以及1個專案管理小組）。目前醫藥科技評估組已擴展為六十多人的專業團隊，並尚在成長中，其中約有15%具博士學位、75%具碩士學位及10%具學士學位，結合了具醫學、藥學、護理、統計、藥物經濟學、醫務管理、公共衛生等專業專職人才，執行醫療科技評估及政策HTA評估等業務。